Vyšehrad má sofistikovanou strukturu mládežnických týmů
Mládež – Vedle mužů a staršího dorostu hájí barvy Slavoje Vyšehrad v republikových soutěžích dalších šest mládežnických družstev. Dvě máme v České lize mladšího dorostu (U17 a U16), dvě v České lize starších žáků (U15 a U14) a dvě v České lize mladších žáků (U13 a U12). Od toho je také odvozeno středisko mládeže.
V minulé sezoně 2012/13 dosáhla ve své kategorii nejlepšího výsledku U13 trenéra Alessandra Moreniho, jež skončila třetí. Kromě toho na Velikonoce vyhrála prestižní mezinárodní turnaj Spring Cup. Další naše naděje startují v pražských soutěžích, přičemž starší přípravka vyhrála pražský přebor.
V ročníku 2013/14 vedou U17 trenéři Marek Kincl, Vojtěch Kincl a Jan Křemen, zatímco U16 Olin Martinec a Zdeněk Jaroš. Oba kolektivy mladšího dorostu budou hrát svá domácí utkání nově na hřišti AFK Slavoj Podolí, ostatní na Vyšehradě.
Starší žáky U15 trénují Alexander Samuel (bývalý prvoligový hráč, později kapitán a trenér áčka Vyšehradu) a Petr Semirád. „Patnáctka“ má navíc svůj B-tým, účastní se pražské I. třídy a vede ji rovněž dvojice Samuel – Semirád. U14, tedy ročník narození 2000, jenž si nasadil laťku hodně vysoko, nastupuje pod taktovkou tria Alessandro Moreni, Pavel Doubek, Daniel Kraft. Mladší žáci? U13 vede trio Václav Dub, Daniel Levý a Evžen Dostál, U12 Oldřich Ouzký a Alexey Ponetaykin.
Starší přípravka A neboli U11 nastoupí v pražské soutěži pod vedením dvojice Leoš Toman – Petr Semirád, starší přípravku B alias U10 má na starost Jiří Vácha. Mladší přípravku A čili U9 připravuje David Zmatlík a mladší přípravku B (U8) Alessandro Moreni. Nejmenší elévy Vyšehradu, tedy školičku, učí prvním fotbalovým krůčkům triumvirát Alessandro Moreni, Petr Semirád a Vojtěch Kincl.
Vzhledem k úzké spolupráci s klubem Junior Praha je třeba ještě zmínit jeho U18, odkud přicházejí hráči z vyšehradské „sedmnáctky“ a který má naopak za úkol co nejlépe připravit hráče na další sezonu pro naši U19. Trenérem U18 Junioru, jenž hraje svá utkání na strašnické umělce V Úžlabině, je Vladimír Kunca.